La Unibautista de Cali, es una entidad fundada por la Denominación Bautista Colombiana; por esta razón su Consejo Directivo tiene una conformación que refleja esa identidad, pero que no excluye la participación de otros representantes de las diferentes instancias que conforman la comunidad universitaria.
A continuación se mencionan los miembros activos del Consejo Directivo de la Unibautista.
| No | NOMBRE COMPLETO | CARGO |
| 1 | Loyd Rodgers | Representante Junta de Misiones |
| 2 | Jorge Rozo | Miembro de la Denominación Bautista Colombiana-DBC |
| 3 |
Fredy Arlex Marín |
Representante de la Federación de Iglesias Bautistas del Occidente Colombiano. ASIBOC |
| 4 | Edith Gamboa Saavedra | Miembro de la Denominación Bautista Colombiana-DBC. |
| 5 | Edwin González | Profesor de la Fundación Universitaria Bautista. |
| 6 | Laura Cerón | Estudiante de la Fundación Universitaria Bautista, representante CEFUB. |
| 7 | Pablo Moreno Palacios | Rector. |
| 8 | Amado Pastor Hurtado | Secretario General |
| 9 | James Mauricio Rozo | Presidente de la Denominación Bautista Colombiana. |
| 10 | Reinaldo Campo | Gerente de la Denominación Bautista Colombiana. |
| 11 | Rebeca Jiménez | Representante de la Federación de Iglesias Bautistas del Occidente Colombiano. ASIBOC |
| 12 | Diego Olaya | Egresado de la Fundación Universitaria Bautista. |